Nekselø er fredet og kan kun besøges til fods. På øen bor der fast fire familier. Nekseløs flotte natur opleves bedst, hvis man følger naturstierne. To skiltede vandreruter af cirka halvanden times varighed hver, fører besøgende rundt i den enestående natur. Brun rute går til nordenden af øen, og grøn rute går til sydenden. Begge ruter leder dig omkring den smukke kyst på øens vestside.
I fuglenes yngletid fra 1. april til 15. juli skal besøgende bruge de afmærkede naturstier. Uden for yngletiden kan besøgende for eksempel vælge at gå øen rundt langs stranden. Ruterne er dog ikke egnede for klapvogne og tilsvarende. Undervejs kan du blandt andet se den sjældne klokkefrø og mange fugle såsom dværgternen, tårnfalken, guldpirolen, vintervågen, mosehornuglen m.fl. Nekseløs tørre og solrige klima gør, at den er voksested for vilde planter, som ellers vokser i tørre steppe-egne i det sydøstlige Europa. Hvis du er heldig kan du finde sjældne planter, som merian, der ellers ikke normalt er at finde på vores breddegrader. 

Ved de stejle vestskrænter på Nekselø venter dig storslåede udsigter langs øens kyst og over bugten mod Kalundborg, Stold og Røsnæs. Det er også på vestsiden af øen at du finder vartegnet ”de forblæste fyrre". På strandskrænten lige nedenfor ligger fårestierne, som er lange, smalle terrasser, der løber langs skrænten, og de er dannet ved almindelig nedskridning. Det afvekslende terræn med høje, græsklædte havskrænter er i sig selv besøget værd.

Men nok så smuk er udsigten over vandet og den sjællandske kystlinie, især fra Gadebjerg og Elmebjerg, der begge hæver sig 41 meter over Sejerøbugten. Man bør ikke snyde sig selv for en tur til Nekselø kirke, der blev indviet i 1931.
Nekselø er et af de steder i Danmark, hvor solen skinner mest, og det regner mindst. Nekselø har ingen overnatningsmuligheder, men øen er et oplagt mål for en dagstur og der er gode fiskevande på øens vestside.